به گزارش پایگاه اطلاع رسانی چهارفصل سید مصطفی در آذر 1309 شمسی، در قم متولد شد. و تحصیلات ابتدایی رادر مدرسه های «باقریه» و «سنایی» به پایان رساند. سپس، به تحصیل علوم اسلامی پرداخت و در سال 1330، سطح را به پایان رسانید و در درس خارج امام قدس سره و آیت الله بروجردی قدس سره حضور یافت و دیری نپایید كه به درجه ی اجتهاد رسید و از تقلید بی نیاز شد. از دیگر اساتید او در علوم اسلامی، علاّمه طباطبایی، آیات عظام داماد، شیخ مرتضی حائری، سید محمد باقر سلطانی، شهید صدوقی، حاج شیخ محمد جواد قزوینی و سید ابوالحسن قزوینی هستند.

شهید در سال 1341، همراه با امام قدس سره به مبارزه با رژیم برخاست و در پیشبرد نهضت اسلامی نقش به سزایی ایفا كرد. در سال 1342، در دورانی كه امام قدس سره در قیطریه ی تهران زیر نظر بودند، رییس وقت شهربانی كل كشور (سپهبد نصیری) او را به شهربانی جلب و هشدار داد كه اگر از فعالیت های سیاسی و مبارزاتی دست نكشد، تحت پیگرد قرار می گیرد. امام قدس سره در روز چهارم آبان 1343، علیه لایحه كاپیتولاسیون سخنرانی كردند و در این سخنرانی، ضمن برملا كردن خیانت رژیم در تصویب این لایحه، تكلیف خود و ملت ایران را با رژیم های امریكا، اسرائیل و همچنین با دست نشانده ی آنان، محمدرضا پهلوی یكسره كردند.

در 13 مهر 1344، امام قدس سر ه و فرزندش از تركیه به عراق برده شدند و روز 23 مهر 1344، در نجف سكونت گزیده و بی درنگ درس و بحث را آغاز كردند و حاج آقا مصطفی افزون بر حضور در درس امام قدس سره، شخصاً به تدریس پرداخته و شاگردان فاضلی پرورش دادند.

آیت الله سید مصطفی در كنار برنامه های درسی و علمی، با راه ها و شیوه های نوینی، مبارزه با شاه را دنبال كرد و مشاوری برجسته و متعهد برای امام قدس سره بود. در 21 خرداد 1348، به دنبال یك سلسله فعالیت ها و كوشش هایی در راه برانگیختن آیت الله حكیم قدس سره علیه رژیم ضدّ اسلامی عراق، بعثی ها او را دستگیر و به بغداد بردند. رییس جمهور آن روز عراق (احمد حسن البكر) به وی هشدار داد در صورت ادامه ی فعالیت بر ضدّ حكام بغداد، با واكنش شدیدی روبرو خواهد شد.

آیت الله سید مصطفی خمینی، در نیمه ی شب یكشنبه اول آبان 1356، به شكل مرموزانه ای به شهادت رسید.